شکاف لب و کام می‌تواند والدین و نوزادان را با مشکلات مختلفی روبه‌رو کند که البته بیشتر به نوع و شدت شکاف بستگی دارد. برخی از این عوارض می‌تواند به شکل زیر باشد:
مشکلات تغذیه‌ای: یکی از اصلی‌ترین نگرانی‌ها پس از تولد، تغذیه نوزاد است. نوزادانی که شکاف کامل لب و شکاف کام دارند توانایی گرفتن سینه مادر یا شیشه‌شیر‌های معمولی را ندارند. در این مورد باید از سرشیشه‌های مخصوص استفاده کنند و یادتان باشد که شیردهی برای این کودکان حائز اهمیت است.
عفونت‌های گوش و کاهش شنوایی: نوزادانی که شکاف کام دارند نسبت به آنهایی که شکاف لب دارند بیشتر در معرض خطر افزایش مایع گوش و کاهش شنوایی هستند، چون مایع بیشتری در گوش میانی آنها ساخته می‌شود و در صورت درمان نشدن عفونت گوش ممکن است باعث کاهش شنوایی شود. برای پیشگیری از این اختلال معمولاً از لوله‌های خاصی استفاده می‌شود تا این مایع تخلیه شود و شنوایی آنها سالانه توسط پزشک بررسی خواهد شد.
مشکلات گفتاری: کودکان مبتلا به شکاف کام و لب می‌توانند دچار مشکل در صحبت کردن مشوند. صدای این کودکان به خوبی انتقال داده نمی‌شود و ممکن است صدایشان تودماغی و غیرقابل فهم شود. البته همۀ کودکان این مشکل را ندارند و برخی از مشکلات گفتاری کاملاً با جراحی برطرف می‌شوند اما برخی نیز نیاز به اقدامات اضافه‌تر مثل تمرینات مکرر با گفتاردرمانگر و حتی جراحی‌های بعدی دارند.
مشکات دندان یا فک: به دلیل عدم تکامل کامل دهان، دندان‌ها می‌تواند به هم ر‌یخته، نامنظم و گاهی در محل شکاف لب و کام دربیایند که لازم است برای رفع این مشکلات کودک تحت نظر یک دندان‌پزشک کودکان باشد و شاید نیاز به ارتودنسی دندان باشد.
ایجاد حالت خفگی هنگام غذا خوردن: هنگام شیر خوردن به دلیل یکی بودن راه‌های دهان و بینی در این کودکان، شیر می‌تواند وارد بینی نوزاد و ایجاد حالت خفگی شود. برای رفع این مشکل باید شکل درست شیر دادن را از پزشک بپرسید. درصورتی‌که روش صحیح شیر‌دهی به مادران آموزش داده شود، این مشکل به وجود نمی‌آید.
اختلال در ظاهر کودک: به دلیل تفاوت ظاهر ‌و مشکلات تکلمی، این بچه‌ها گاهی می‌توانند طی مراحل درمانشان دچار نبود اعتمادبه‌نفس و مشکلاتی از این قبیل شوند.
کلینیک شکاف کام و لب دانشگاه علوم پزشکی شیراز در دانشکده دندانپزشکی و کلینیک گفتاردرمانی دانشکده ی علوم توانبخشی به طور ویژه و تخصصی به رفع مشکلات این کودکان میپردازند.